現在、国際モーツァルテウム財団（ザルツブルク）にはモーツァルトのものとされる頭蓋骨が保管されている。
頭蓋骨に記された由来によれば埋葬後10年目にモーツァルトを埋葬した墓地は再利用のため整理され、遺骨は散逸してしまったという。
この時、頭蓋骨だけが保管され、以来複数の所有者の手を経て1902年に同財団によって収蔵された。
遺骨の真贋についてはその存在が知られた当初から否定的な見方が多いが、2004年にウィーン医科大学の研究チームがモーツァルトの父・レオポルドほか親族の遺骨の発掘許可を得て、問題の頭蓋骨とのDNA鑑定を行うと発表した。
鑑定結果はモーツァルト生誕250年目の2006年1月8日に、オーストリア国営放送のドキュメンタリー番組として公表された。
これによると、調査の試料となったのは頭蓋骨の2本の歯とモーツァルト一族の墓地から発掘した伯母と姪のものとされる遺骨から採取されたDNAであった。
検査の結果、頭蓋骨は伯母、姪の遺骨のいずれとも縁戚関係を認められなかったが、伯母と姪とされる遺骨同士もまた縁戚関係にないことが判明し、遺骨をめぐる謎は解決されなかった。
結局は、謎のままなんですね・・・。